A Bari, nella chiesa di San Giovanni Crisostomo, in Arco San Giovanni, a pochi passi dal castello normanno-svevo e dalla Basilica di San Nicola, ha vita una comunità cattolica di rito bizantino, a testimonianza dello stretto legame che Bari ancora conserva con il suo passato.
È la più antica chiesa di Bari ed è una comprovata testimonianza dei luoghi nicolaiani dato che nella Leggenda di Kiev, la chiesa di San Giovanni “Prodromos”, vicina al mare, viene indicata come primo luogo di deposizione delle reliquie; certamente si tratta proprio della chiesa di San Giovanni in seguito intitolata al Crisostomo.
Possiamo ritenere che le origini di questa chiesa risalgano al 1032, anno in cui il catapano del Thema di Longobardia Photos Argyros (dal luglio 1029 fino a giugno 1032) la fece edificare in località “puteum Greci”, fuori dalle mura della città.
Il 5 maggio del 1957 l’arcivescovo di Bari Enrico Nicodemo la costituì parrocchia di rito bizantino, affidandola alla comunità greca locale che ne cambiò la dedica in San Giovanni Crisostomo. Il 18 novembre 1964 vi fu una dichiarazione integrativa della Sacra Congregazione per le Chiese orientali con la quale si estendeva la giurisdizione del Proistamenos sui fedeli del medesimo rito che dimoravano in tutta la Puglia e nella provincia di Matera.
La facciata è composta da conci squadrati in pietra calcarea e termina con una cuspide interrotta a destra dalla presenza di un campanile a vela. Il portale, collocato in posizione centrale, è incorniciato da un arco con motivi a punta di diamante quasi totalmente rifatto sulla base di frammenti originari. Una finestra rettangolare posta in alto in posizione centrale riprende, nella cornice, lo stesso motivo decorativo del portale, anch’esso riproposto partendo da pochi frammenti originari superstiti.
L’interno è a navata unica coperta da capriate lignee. Sulla parete destra affiorano due archi a tutto sesto che poggiano su capitelli posti alla quota dell’attuale pavimento. Ciò fa ritenere che il livello originario dovesse trovarsi qualche metro al di sotto dell’odierno calpestio e che i due arconi sono quanto rimane dell’originario edificio. La chiesa, infatti, nella sua struttura originaria, era formata da tre navate: il primitivo impianto terminava con un’abside a cui fa esplicito riferimento documento del 1091. Gli interventi della seconda metà del XIII sec. che portarono il sollevamento della chiesa all’attuale livello, la ridussero ad un’unica navata, coperta da una volta a botte unghiata. A sinistra della navata è collocata una lastra in pietra del sec. XI che raffigura un leone alato ed un grifo che atterrano rispettivamente un caprone ed un cinghiale: essi si dispongono simmetricamente ai lati “dell’albero della vita”, il cui vertice racchiude una piccola croce bizantina. Il presbiterio, di struttura tardo medioevale che si affaccia nell’aula ecclesiale con un ampio arco ogivale, è coperto da una volta a crociera costolonata.
Con l’affidamento della chiesa alla comunità di rito bizantino, l’altare maggiore di stile barocco fu sostituito con uno a forma quadrata, preceduto da una 
iconostasi dipinta in tre ordini: nella parte superiore sono raffigurati i santi Apostoli che fanno da corona all’icona posta al centro dove è raffigurata la Deesis, cioè la supplica, con il Cristo in trono a ai lati la Madre di Dio e san Giovanni il Battista che rivolgono suppliche in favore dei fedeli, scene delle feste dell’anno liturgico distribuiti in pannelli e in quella inferiore quattro figure ieratiche: il Cristo Pantocrator, la Madre di Dio, San Giovanni Battista e San Giovanni Crisostomo. Al centro dell’abside vi è una tela della Madonna con le mani volte in alto ed il Divino Infante sul petto a firma di M. Buono 1968. Sulle porte diaconali sono dipinti due arcangeli e sulle porte regali è raffigurata l’Annunciazione.
Attualmente la Parrocchia è retta da Papas Antonio Magnocavallo, dell’Eparchia di Lungro, nominato Parroco nel 1975 da mons. Anastasio Ballestrero, Arcivescovo di Bari, per i fedeli orientali.